倭寇进犯山东，登州卫指挥戚景通按兵不动，他的儿子戚继光非常不解，父亲为何不去抗击倭寇?
几个来自少林的行脚僧经过被倭寇洗劫过的梅家村，发现还有一个幸存的男孩小顺，小顺被带到了少林寺，与一个调皮的男孩小福一起落了发，小顺的法号为月空，小福法号月文。
十五年后。
月空和月文都已经长大成人，山东登州的戚继光也继承了父亲的职位，担负着抗击倭寇的重任。
在战场上，戚继光所向披靡，为了一举歼灭倭寇残敌，他没有向兵部禀报，便带领兵马闯入浙江，并冲撞了浙江总督万表，结果身陷囹圄。
当世名将俞大猷救下戚继光，目前，倭寇危害最严重的地方就是浙江，俞大猷希望戚继光与自己浙江一同抗倭。戚继光意气风发，重新披挂上阵，但当他到宁波卫履职的时候，才发现这里的情况糟糕得无法想象。
少林僧兵第2集剧情介绍此时，朝中主和派占了上风，左都御使胡宗宪将作为钦差大臣前来浙江，准备举行一场祭海大典，解除海禁。“市通则寇转为商，市禁商转为寇”，如果海禁解除，倭寇也将不攻自灭。
少林寺的小山方丈接到邀请前来观礼，月文动心了，他很想借这个机会回家看一看，可当月文回到徽州，才发现他的家在十五年前就搬走了。
月文失魂落魄地来到了宁波，他没有找到月空，却倒在了一心客栈的门口。来自山东的善良姑娘李若兰帮助了月文。
少林僧兵剧照
月文找到月空以后，发现月空也在宁波认识了一个漂亮女子秀子，而秀子是个日本人，她的随从也是日本第一武士——风语。
戚继光怀疑风语和秀子两人是倭寇的奸细，而月空认出了戚继光，他恨戚继光，在他的眼里，戚继光的父亲就是梅家村被灭的罪人，月空出手救下秀子和风语，但自己和月文却被戚继光抓进大牢。
风语闯入大牢，救出了月空和月文。
少林僧兵第3集剧情介绍祭海大典开始。人群中却突然冒出几名刺客，大典一片混乱。月空与月文阴差阳错救下胡宗宪。
秀子也在混乱中受了箭伤。月空为秀子疗伤，伤倒是不重，但是秀子声称自己还有一种奇怪的病，月空无能为力，他只能请小山方丈亲自为秀子医治，可小山已经离开宁波，返回了少林寺。
临走前，月文再次去找李若兰，他注意到李若兰一直没有笑脸，就问她整天冷着脸，是不是因为自己欠她钱。李若兰被逗笑了，这个笑容成了月文最甜蜜的记忆。
月文告诉李若兰其实他还没有受戒，并不是真正的僧人，但李若兰不想跟月文有太多的纠缠，她也是梅家村人，不过当年村子被洗劫后，她没有看到父亲的尸体，她坚信父亲还活着，十五年来，唯一支撑她活下去的就是寻找父亲。
面对大典上无辜死伤的百姓，本地的商人也是大善人汪直不仅请了最好的大夫来为伤者医疗，还捐助了不少财产让死者得到抚恤。
但随后汪直就去了海上，与他会面的是当朝权臣严嵩的儿子兵部侍郎严世蕃，原来这次刺杀行动是由他们两人一手策划的，而汪直就是倭寇的首领——五峰船主，通敌的就是主张海禁的严世蕃。严世蕃爱财，只有海禁，他才能获取最大的利益。深受儒家影响的汪直虽然拥有巨大的财富，但是学而优则仕，他想的是严世蕃能给他谋个一官半职，然后衣锦还乡，光宗耀祖。
戚继光追查破坏大典的内奸，他顺藤摸瓜，盯上了一心客栈。
